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市域の大部分が高台上の平坦地である『武蔵野段丘』であり、また国分寺崖線を境に一段低い『立川台地』及び高台を刻んで流れる『野川上流の谷』で構成される市であり、東西約5.68km/南北約3.86kmとなっております。

"ハケ"とも呼ばれる国分寺崖線は、『立川台地』形成時に多摩川が武蔵野台地を浸食してできた浸食崖になります。

名水百選にも選定されています「お鷹の道・真姿の池湧水群」と言う湧水群があり、"ハケ"下の野川に流れ込んでいます。

1889年町村制の施行により、《国分寺村・恋ヶ窪村・内藤新田・戸倉新田・本多新田・榎戸新田・野中新田六左衛門組・平兵衛新田・中藤新田・上谷保新田》と府中宿、本宿村の一部が合併し、神奈川県北多摩郡国分寺村が誕生しました。

また同年に、甲武鉄道（現在のJR中央本線）開通し、国分寺駅開業しました。

その後、1894年に川越鉄道（現在の西武国分寺線）、1928年には多摩湖鉄道（現剤の西武多摩湖線）、1973年には、当時の国鉄で武蔵野線が開通し西国分寺駅開業しました。

交通機関の発達、関東大震災後には東京市民の郊外への進出などにより、人口も徐々に増えていき、昭和の時代になると周辺の地域に工場・研究所等が出来はじめ、関係者の住宅が増えていきました。

東京都で14番目の市として、1964年の11月3日市制施行により国分寺町から国分寺市が誕生しました。

聖武天皇の命により建立された国分寺[武蔵国分寺](741年)がこの地にあったことが、地名の由来となっております。